1988. aasta sügisel taasasutati Eesti Antroposoofiline Selts (EAS), mille üheks eesmärgiks sai ka avalike loengute korraldamine. 1989. aasta kevad-talvel tuli EAS-i kutsel Tallinna Pedagoogikaülikooli täiendkoolituse raames loengusarja pidama Freddy Heimsch – Soomes tegutsev ravipedagoog, Lahti Steinerkooli üks asutajatest. Enne Eesti iseseisvumist oli tema esimene, kes pidas siin avaliku loengutsükli lapse arenguetappide ja waldorfpedagoogika põhialustest.
1989. a suvel korraldas EAS Tallinna Vanalinna Muusikamajas ja Pedagoogikaülikooli aulas õpetajatele, tudengitele kohtumise pr Margaret Meyercort´iga, staažika waldorfpedagoogiga Inglismaalt. Huvi oli suur, loengud läksid täismajale. Pärast loenguid toimusid aktiivsed arutelud. Aeg uue kooli tekkimiseks oli küps. Oli hulk lapsevanemaid, kes olid avatud uuele. Tartus lõid suurpered isegi Tartu Pereliidu, eesmärgiga teadvustada ühiskonnale, et lapsed ei takista täiskasvanute elu, vaid vastupidi – meie lapsed panevad meid olukorda, kus me hindame ümber ajalisi ja ajatuid väärtusi, kasvatades eelkõige iseennast ja luues parima võimaliku keskkonna nende kasvamiseks. Waldorfkoolid sündisid lastevanemate initsiatiivist. Tartus, Tallinnas, Rakveres ja Põlvas algasid ettevalmistused waldorfpedagoogikal põhineva kooli rajamiseks. Vaja oli leida ruumid, õpetajad. Lapsevanemad moodustasid asjaajamise hõlbustamiseks seltsid, mille ülesandeks sai kooli loomine, waldorfpedagoogika põhimõtete tutvustamine. 1. sptembril 1990 alustas õppetööd 3 waldorfkooli: Tartus, Põlva vallas Rosma külas ja Tallinnas Nõmmel. 1991. a alustas waldorfkool Rakveres, 1992. a Arukülas ning 1993. a Viljandis. Tänaseks on waldorfkoolina tegevuse lõpetanud Tallinnas (Nõmmel) ja Rakveres alustanud koolid, mis 1990. aastate lõpust jätkasid riiklikku õppekava järgivate erakoolidena. 2001. aastast on Tallinnas taas waldorfkool, Tallinna Vaba Waldorfkool (Pelgulinnas). 7 aastat hiljem 2008. a avas 1. klassi Erakool Läte, mis alates 2016. aastast on Waldorfkool Läte. Rakvere Waldorfkool alustas 2011. a sügisel nime all Rakvere Vanalinna Kool. 2013. a sügisel alustas Herbert Hahni kool, mis alates 2017. aastast on Pärnu Waldorfkool. Eestis tegutseb 2 erivajadustega õpilaste waldofkooli. Tartu Maarja Kool, mis on ainuke munitsipaalomandis waldorfkool, alustas tegevust 1994. a, Hilariuse kool alustas 2005. aastal.
2018/2019. õppeaastal õpib Eesti waldorfkoolides 1 402 õpilast: põhikoolis on 1163, gümnaasiumis 127 ja koduõppel on 112 õpilast.